Insgesamt betrachtet gilt Maltas Fauna als relativ artenarm. Zu den auf den Inseln lebenden Tieren gehören Mäuse, Ratten, die Langflügelfledermaus, Kaninchen, Igel, Wiesel, Eidechsen, Mauergeckos, Chamäleons und mehrere Populationen ungiftiger Schlangen wie die Leopardnatter.
Auf den Inseln sind einige Vogelfamilien heimisch, etwa Lerchen, Finken, Schwalben und Drosseln. Auch die Turteltaube, der Pirol und einige Greifvogelarten gehören zur Fauna Maltas. Die häufig anzutreffende Blaumerle ist der Nationalvogel des Inselstaates. Im Frühjahr 2008 meldete die Regierung im Zuge von Natura 2000 27 Schutzgebiete für die Tier- und Pflanzenwelt an. Zu diesen Gebieten zählen unter anderem die Kalksteinklippen Rdumijiet ta’ Malta, die vielen Seevögeln, etwa dem Levante-Sturmtaucher (Puffinus yelkouan) als Nistplatz dienen. Im Norden der Hauptinsel liegt das Vogelschutzgebiet Għadira Bird Reserve. Ferner ist Malta im Frühjahr und Herbst eine der wenigen Stationen von Zugvögeln auf ihrem Weg von Europa nach Afrika und zurück.